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| No | ポケモン名 | 出現場所 |
| 144 | フリーザー | ブルーポイント |
| 145 | サンダー |イエローポイント|
| 146 | ファイヤー |レッドポイント|
| 150 | ミュウツー |孤高の島|
| 151 | ミュウ | クリア後イベント |
| 243 | ライコウ |光の島|
| 244 | スイクン |クリアレイク|
| 245 | エンテイ | 炎の島の洞窟 |
| 249 | ルギア | |
| 249 | ルギア | 海のほこら |
| 250 | ホウオウ |虹のかけ橋|
| 251 | セレビィ | |
| 251 | セレビィ | つぶやき？ |
| | セレビィ(色違い) |つぶやき|
| 377 | レジロック |三角神殿クリア後 |
| 378 | レジアイス |三角神殿クリア後 |
| 379 | レジスチル |三角神殿クリア後 |
| 380 | ラティアス |マスターランク到達|
| 381 | ラティオス |マスターランク到達|
| 382 | カイオーガ |雨の海流|
| 383 | グラードン |マグマの地下道|
| 384 | レックウザ |ドラゴンゲート|
| 385 | ジラーチ | クリア後イベント |
| 386 | デオキシス |いん石の跡地|
| 480 | ユクシー |悟りの湖|
| 481 |エムリット |ハートレイク29F |
| 482 |アグノム | |
| 482 |アグノム | 決断の泉 |
| 483 |ディアルガ |ドラゴンゲート|
| 484 |パルキア |ドラゴンゲート|
| 485 |ヒードラン |炎の島の火山8F|
| 486 |レジギガス |三角神殿クリア後|
| 487 |ギラティナ |ゼロの島|
| 488 |クレセリア |怪光の湖|
| 489 |フィオネ |海底遺跡|
| 490 |マナフィ |海底遺跡|
| 491 |ダークライ |試練の岩山|
| 492 |シェイミ |つぶやき|
| 493 |アルセウス |運命の塔|
| 494 |ビクティニ |つぶやき|
| 638 |コバルオン |ちかいの丘|
| 639 |テラキオン |コバルオンの紹介|
| 640 |ビリジオン |つぶやき|
| 641 |トルネロス |嵐の島|
| 642 |ボルトロス |嵐の島|
| 643 |レシラム |天空遺跡|
| 644 |ゼクロム |天空遺跡|
| 645 |ランドロス |嵐の島|
| 646 |キュレム |氷の祭だん|
| 647 |ケルディオ |ビリジオンの紹介|
| 648 |メロエッタ |つぶやき|
| 649 |ゲノセクト |謎の地上絵|
| 716 |ゼルネアス |生命の木|
| 717 |イベルタル |地下遺跡|
| 718 |ジガルデ |終の峠|
| 719 |ディアンシー |ジュエルロード13F|
| 720 |フーパ |ラムルタウン内の壺|
