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| No | ポケモン名 | 出現場所 |
| 144 | フリーザー | ブルーポイント |
| 145 | サンダー | |
| 146 | ファイヤー | |
| 150 | ミュウツー | |
| 151 | ミュウ | クリア後イベント |
| 243 | ライコウ | |
| 244 | スイクン | |
| 245 | エンテイ | |
| 245 | エンテイ | 炎の島の洞窟 |
| 249 | ルギア | |
| 250 | ホウオウ | |
| 251 | セレビィ | |
| | セレビィ(色違い) | |
| 377 | レジロック |三角神殿クリア後 |
| 378 | レジアイス |三角神殿クリア後 |
| 379 | レジスチル |三角神殿クリア後 |
| 380 | ラティアス |マスターランク到達 |
| 381 | ラティオス | |
| 382 | カイオーガ | |
| 383 | グラードン | |
| 384 | レックウザ | |
| 385 | ジラーチ | |
| 386 | デオキシス | |
| 480 | ユクシー | |
| 481 |エムリット |ハートレイク29F |
| 482 |アグノム | |
| 483 |ディアルガ | |
| 484 |パルキア | |
| 485 |ヒードラン |炎の島の火山8F|
| 486 |レジギガス |三角神殿クリア後|
| 487 |ギラティナ | |
| 488 |クレセリア | |
| 489 |フィオネ | |
| 490 |マナフィ | |
| 491 |ダークライ | |
| 492 |シェイミ | |
| 493 |アルセウス | |
| 494 |ビクティニ | |
| 638 |コバルオン |ちかいの丘|
| 639 |テラキオン | |
| 640 |ビリジオン |つぶやき|
| 641 |トルネロス |嵐の島|
| 642 |ボルトロス |嵐の島|
| 643 |レシラム | |
| 644 |ゼクロム | |
| 645 |ランドロス |嵐の島|
| 646 |キュレム | |
| 647 |ケルディオ |ビリジオンのつぶやき|
| 648 |メロエッタ | |
| 649 |ゲノセクト | |
| 716 |ゼルネアス | |
| 717 |イベルタル | |
| 718 |ジガルデ | |
| 719 |ディアンシー |ジュエルロード13F|
| 720 |フーパ | |
