| No | ポケモン名 | 出現場所 |
| 144 | フリーザー | ブルーポイント |
| 145 | サンダー | イエローポイント |
| 146 | ファイヤー | レッドポイント |
| 150 | ミュウツー | 孤高の島 |
| 151 | ミュウ | クリア後イベント |
| 243 | ライコウ | 光の島 |
| 244 | スイクン | クリアレイク |
| 245 | エンテイ | 炎の島の洞窟 |
| 249 | ルギア | |
| 250 | ホウオウ | 虹のかけ橋 |
| 251 | セレビィ | |
| セレビィ(色違い) | つぶやき |
| 377 | レジロック | 三角神殿クリア後 |
| 378 | レジアイス | 三角神殿クリア後 |
| 379 | レジスチル | 三角神殿クリア後 |
| 380 | ラティアス | マスターランク到達 |
| 381 | ラティオス | マスターランク到達 |
| 382 | カイオーガ | 雨の海流 |
| 383 | グラードン | マグマの地下道 |
| 384 | レックウザ | ドラゴンゲート |
| 385 | ジラーチ | クリア後イベント |
| 386 | デオキシス | いん石の跡地 |
| 480 | ユクシー | 悟りの湖 |
| 481 | エムリット | ハートレイク29F |
| 482 | アグノム | |
| 483 | ディアルガ | ドラゴンゲート |
| 484 | パルキア | ドラゴンゲート |
| 485 | ヒードラン | 炎の島の火山8F |
| 486 | レジギガス | 三角神殿クリア後 |
| 487 | ギラティナ | ゼロの島 |
| 488 | クレセリア | 怪光の湖 |
| 489 | フィオネ | 海底遺跡 |
| 490 | マナフィ | 海底遺跡 |
| 491 | ダークライ | 試練の岩山 |
| 492 | シェイミ | つぶやき |
| 493 | アルセウス | 運命の塔 |
| 494 | ビクティニ | つぶやき |
| 638 | コバルオン | ちかいの丘 |
| 639 | テラキオン | コバルオンの紹介 |
| 640 | ビリジオン | つぶやき |
| 641 | トルネロス | 嵐の島 |
| 642 | ボルトロス | 嵐の島 |
| 643 | レシラム | 天空遺跡 |
| 644 | ゼクロム | 天空遺跡 |
| 645 | ランドロス | 嵐の島 |
| 646 | キュレム | 氷の祭だん |
| 647 | ケルディオ | ビリジオンの紹介 |
| 648 | メロエッタ | つぶやき |
| 649 | ゲノセクト | 謎の地上絵 |
| 716 | ゼルネアス | 生命の木 |
| 717 | イベルタル | 地下遺跡 |
| 718 | ジガルデ | 終の峠 |
| 719 | ディアンシー | ジュエルロード13F |
| 720 | フーパ | ラムルタウン内の壺 |
